Перемены произошли и в буддизме. Использование простой письменности кана и больший упор на молитву (нэмбуцу), чем на священные писания и ритуал, позволили служителям культа существенно расширить аудиторию. Секта Чистая Земля (Дзёдо), основанная Хонэном (1133-1212), и секта Истинно Чистой Земли (Синсю), созданная его учеником Синраном (1173-1262), в короткие сроки завоевали большое число сторонников. Другая новая секта, названная по имени ее основателя Нитирэна (1222-1282), хотя и менее популярная, носила воинствующе японский характер. К концу эпохи Хэйан уже существовал Ребу (двойной) синто, в котором синтоистские божества рассматривались как местные проявления Будды. Синтоистские храмы все больше переходили под управление буддийских монахов.

Наиболее разительные перемены произошли в политической сфере. Уже семья Фудзивара несколько отдалилась от китайских образцов, используя свой личный авторитет и зависящие от нее учреждения с целью обойти систему групп и советов, существовавшую при Тайхо. С падением Фудзивара этот процесс получил продолжение, способствуя формированию строя, близкого западноевропейскому феодализму.

Растущее богатство буддийских общин, параллельно с постоянным увеличением обрабатываемого клина, привело к тому, что к 12 в. пашня преимущественно была включена в состав свободных от налогообложения огромных частных угодий, называвшихся сёэн; к ним семьи на местах часто причисляли и свои собственные наделы.

Подобное развитие событий ослабило не столько Фудзивара, сколько государственную финансовую систему, поскольку дворяне и буддийские общины, как правило, патронировал сёэн, получая с них доход в обмен на обеспечение их интересов. Перемены сопровождались упадком законности и порядка, что подрывало власть Фудзивара. Местная знать прибегла к найму телохранителей, отряды которых к 10 в. превратились в настоящие частные армии. Большинство этих воинов было связано с сёэн; таким образом начал формироваться класс воинов.

Тайра и Минамото. Новая организация общества оформилась в процессе развития системы вассальных отношений. Стержнем ее стал ряд видных военных домов. Крупнейшими из них были Тайра и Минамото, оба включавшие потомков императорской семьи и основанные людьми, которые оставили столицу с тем, чтобы попытаться получить власть в провинции. Тайра первоначально осели в районе Канто на востоке, где в 935 один из них выступил против центра. Развернутая против него кампания была отмечена подъемом рода Минамото, который приобрел большое число сторонников как в Канто, так и в районах, прилегавших к столице. Тайра отреагировали на это расширением своего влияния на побережье Внутреннего Японского моря.

Минамото создали альянс с Фудзивара, подавив ряд мятежей, вспыхнувших в 11 в. на периферии. Однако в 12 в. Тайра также успешно сблизились с двором, оказывая поддержку отрекшимся императорам. В 1156-1159 Тайра Киёмори, победив в противостоянии по вопросу о престолонаследии, захватил власть и удалил большинство представителей Минамото из государственных учреждений. В 1180, произошло восстание в Канто под предводительством Минамото Ёримото. После пяти лет сражений Тайра были окончательно разгромлены в морской битве при Данноура (1185).

Военное правительство Камакура. В 1192 Ёримото получил титул сёгуна, т.е. генералиссимуса, формально став представителем императора по военным вопросам, а фактически - правителем Японии. Его ставка в Камакура (недалеко от современного Токио), известная как бакуфу, с того времени превратилась в административную столицу страны. В Хэйане по-прежнему размещался императорский двор, при котором Фудзивара и другие представители дворянства имели высокие должности, но город перестал выполнять функцию центра политической власти. Для контроля за выполнением своих решений сёгун назначал собственных вассалов (гокэнин) военными губернаторами (сюго) в провинциях и управляющими (дзито) в большинстве крупных частных поместий. Хотя государственные чиновники, верные двору, продолжали служить бок о бок с новыми военными администраторами, именно последние вскоре заняли привилегированное положение, используя свои возможности не только для укрепления власти бакуфу, но и для собственного обогащения.

После смерти Ёримото в 1199 управление страной взял на себя его тесть Ходзё Токимаса, чья семья держала власть в руках за счет регентства вплоть до 14 в. Когда в 1219 ветвь Минамото пала, должность сёгуна перешла к представителю семьи Фудзивара, назначенному родом Ходзё, вопреки попытке отрекшегося императора Го-Тоба (правил в 1183-1198) восстановить свою власть. Го-Тоба преуспел лишь в предоставлении Ходзё возможности продемонстрировать военное превосходство и конфисковать еще больше земель и в итоге в 1221 был изгнан. Система дзито была расширена и стала использоваться для поощрения гокэнинов; в Камакура начался период безмятежного правления. С 1252 регенты могли привлекать на должность сёгуна даже принцев из императорского рода.

Администрация Ходзё заботилась главным образом о контроле над членами сословия военных, или самураями, и об улаживании конфликтов, связанных с такими проблемами, как права на владение землей, дела о наследстве или вассальный статус. Расходы на управление были невелики, поскольку большинство чиновников получало вознаграждение из доходов, поступавших с сёэн, к которым они были приписаны. Таким образом, общая система налогообложения оказалась ненужной: необходимые средства поступали к сёгуну из собственных поместий. Это позволило сделать режим стабильным и популярным.

Ряд факторов способствовал тому, что процесс, приведший самураев к власти, не завершился, и начиная с середины 13 в. стали возникать новые противоречия. Продолжалась борьба за землю, в ходе которой самураи стремились получить дополнительные привилегии, все более усложняя арбитражную функцию бакуфу. Повышение уровня жизни нового правящего класса сопровождалось ростом его расходов, и те самураи, которые не преуспели в приобретении новых земель, оказались в долгах. Наконец, возникли проблемы, связанные с монгольским нашествием.

К 1264, когда Хубилай утвердился в Пекине в качестве императора, монголы завоевали значительную часть Центральной и Северной Азии. Прежде чем монголы высадили десант на Кюсю в 1274, Ходзё дважды, в 1268 и 1272, отказывались признавать сюзеренитет Хубилая. К счастью для японцев, монголы покинули остров. Последовало несколько лет военных приготовлений каждой из сторон, сопровождавшихся безрезультатными переговорами, пока монголы не предприняли мощное наступление в 1281. На этот раз захватчики находились на японской территории несколько недель, в течение которых велись ожесточенные сражения, пока шторм не разбросал по морю их корабли, что означало конец экспансии.

Расходы на эти кампании еще более подорвали лояльность самураев. Более того, в конце столетия ускорились экономические перемены, и недовольство росло вплоть до того момента, когда власть Ходзё стала неприемлемой для многих гокэнин. Император Го-Дайго, правивший в 1318-1339, усмотрел в этом возможность для восстановления прерогатив монарха. В 1333 ему удалось заручиться поддержкой в провинциях со стороны ряда крупных военных домов, с их помощью была захвачена Камакура и свергнуты Ходзё.

Сёгуны Асикага. Важный вклад в победу Го-Дайго внес Асикага Такаудзи, воин из рода Минамото. Его амбиции вскоре привели к разрыву с союзником-императором, а в 1336 он захватил Киото и назначил императором своего выдвиженца. Однако Го-Дайго сумел скрыться и основал свой двор в Ёсино, в горах к югу от Нары. До тех пор пока в 1392 не был достигнут компромисс между двумя ветвями императорской семьи, в стране шла непрерывная гражданская война.

Асикага Такаудзи принял титул сёгуна и основал свою резиденцию в Муромати, одном из районов Киото. Гражданские войны во многом способствовали укреплению позиций и независимости самураев, которые отняли часть земель у буддийских общин и у семей из придворного круга. Многие создали на местах крупные поместья, и к концу века некоторые правители провинций (сюго-даймё) могли уже безбоязненно игнорировать приказы сёгуна.

В середине 15 в. группа крупных семейств, в том числе и находившиеся в родстве с Асикага, контролировали большинство важнейших учреждений в администрации сёгуна. В 1467 спор о престолонаследии ускорил начало схватки за власть, продолжавшейся с небольшими перерывами вплоть до 1573, когда был изгнан последний из Асикага.

Гражданская война не помешала вызреванию предпосылок для экономического и культурного развития. В сельском хозяйстве постоянное увеличение площади обрабатываемых земель, улучшение качества семенного фонда и распространение ирригации привели к расширению производства, что способствовало прогрессу сельских ремесел и торговли. К 15 в. были созданы постоянные рынки, часто возникавшие вблизи монастырей и храмов. В дальнейшем ремесленники и купцы все более специализировались в своих занятиях и часто объединялись в гильдии (дза). Внутренняя торговля испытывала подъем, в значительной мере благодаря каботажному судоходству.

Экономические связи с Китаем так и не были восстановлены после нашествий монголов. Даже приход к власти династии Мин в 1368 не принес в этом плане реальных улучшений из-за недовольства, вызванного набегами японцев на побережье Китая и Кореи. Тем не менее в 1401 третий сёгун Асикага по имени Ёсимицу направил послания с выражением почтения китайскому императору, которые привели к обмену представительствами. Последние стали посредниками в торговле, которая приобрела важное экономическое значение. Такие японские товары, как мечи и медная руда, обменивались на китайский шелк, фарфор и монеты. Торговые отношения были прерваны лишь в 1549, когда появились португальцы, предложившие альтернативу прямым китайско-японским связям.

Среди тех, кто настаивал на продолжении торговли с Китаем, были буддийские монахи из секты дзэн, стремившиеся восстановить контакты с дзэнскими (чаньскими) монастырями в Китае. Некоторые из этих священнослужителей сопровождали миссии за границу, выступая в качестве посланников и переводчиков. Японцы заимствовали в Китае стиль пейзажной живописи времен сунской династии, одним из ярких представителей которого является художник Сэссю (1420-1506). Дзэнские идеи использовались и в чайной церемонии, и в ландшафтном садоводстве. В тот период были созданы многие наиболее знаменитые сады Киото. С того же времени ведут отсчет замечательные архитектурные сооружения: Кинкакудзи, или Золотой храм (1394, восстановлен в 1955), и Гинкакудзи, или Серебряный храм (1479). Эта эпоха стала свидетелем развития классической драмы в жанре ноо благодаря таланту Сэами (1363-1443).

Гражданская война и объединение. К 1560-м годам старые семьи сюго-даймё лишились власти, перешедшей к новым сеньорам. Некоторые из них контролировали целые провинции и могли самостоятельно бросить вызов Асикага. Первым это сделал Ода Нобунага, правитель части провинции Овари (в окрестностях современной Нагои). В 1568 он захватил Киото и назначил своего кандидата сёгуном. На смену Нобунага пришел военачальник Тоётоми Хидэёси, принявший в конечном счете титул кампаку. Упрочив свое положение на землях, захваченных ранее Нобунага, Хидэёси в дальнейшем распространил свою власть на всю страну. В 1586-1587 удачная кампания против правителя Сацума на юге привела к установлению его господства над всем Кюсю, а в 1590 в результате нападения на Ходзё в Одавара к его владениям был присоединен северо-восток.